Algumas bactérias não são apenas úteis. São essenciais à vida. Fertilizantes orgânicos são transformados pelas bactérias em material que pode ser usado nas plantas. Vegetais decompostos e matéria animal são transformados em nutrientes que são absorvidos pelas raízes de outras plantas. Muitas espécies de bactérias do solo ajustam o nitrogênio, isto é, elas convertem o nitrogênio da atmosfera em nitratos, compostos que são prontamente absorvidos pelas plantas. Algumas dessas bactérias vivem em colônias nas raízes de legumes como ervilhas, cravos e alfafas.
Vários processos comerciais dependem da bactérias. Bactérias anaeróbicas que fermentam certas substâncias são usadas na produção de vinagre e alguns medicamentos, e no processo de envelhecimento de queijos. Algumas bactérias produzem refugos úteis aos humanos. Um desses refugos é o ácido láctico, que é produzido pela bactéria intestinal, promove a digestão em humanos e está presente em certos alimentos, como o iogurte.
A bactéria também é usada para quebrar quimicamente o tecido duro da linhaça, da juta, do cânhamo e do coco. Métodos modernos de drenar a água dos dejetos usam as bactérias para decompor as perdas orgânicas. Em um processo conhecido como biorremediação, bactérias são adicionadas à água ou ao solo para converter poluentes tóxicos, como pesticidas e óleo, em substâncias inofensivas. Apesar da engenharia genética, as bactérias foram desenvolvidas para biorremediação e também para produzir drogas e outros químicos.
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